In Hoogstamboomgaarden kunnen de volgende zoogdieren worden aangetroffen:
Bosmuis, Huismuis, Veldmuis, Spitsmuis, Woelmuis, Woelrat, haas, konijn, egel, mol, eekhoorn en bunzing. Binnen hun verspreidingsgebied komen ook andere soorten als de das en de boommarter voor. Hoogstamboomgaarden met een wat ruigere onderbegroeiing, afgewaaide takken, snoeihout op tassen en schoorpalen bieden goede schuilgelegenheid voor wezel, hermelijn en de steenmarter.

Sommige van de genoemde soorten worden in boomgaarden als schadelijk ervaren, vooral in jonge beplantingen. De Woelrat knaagt graag aan de wortels van de boompjes, terwijl ’s winters hazen, konijnen en reeën de (zoete)schors van de bomen als een bijzonder smakelijk hapje beschouwen. Ook muizen knagen aan de schors als zij zich verscholen weten in de at ruige begroeiing rond de stam. Het is zinvol om voor de winter het gras rond de stam kort maaien.

Daarentegen zijn de spitsmuis en egel zeer nuttige dieren, die op insecten en muizen en konijnen jagen. De bunzing jaagt veel op muizen en konijnen.

Mollen verrichten eigenlijk nuttig werk onder de grond. Ze graven gangen, wat goed is voor de beluchting en drainage, en ze eten vele schadelijke insecten waaronder emelten (larve van de langpootmug en rozenkever), engerlingen (larve van de meikevers) en ritaalden, maar anderzijds eten ze ook regenwormen die de structuur van de bodem verbeteren.
Als in de winter de mollen boven in de grond zitten dan houd de vorst niet aan. Krijgen we strenge vorst dan trekken de regenwormen, emelten, engerlingen en ritaalden diep de grond in waardoor de mollen mee de grond intrekken en de molshopen niet meer aan de oppervlakte zullen verschijnen.
Over het algemeen zijn het nuttige dieren in de hoogstamboomgaard.

Eekhoorns zie je ook in de fruitbomen. Ze zijn zeer goed instaat in het vinden van noten, eikels, paddenstoelen, zaden van naaldbomen en bessen. Maar ook fruit staat op het menu.

Ook vleermuizen worden in boomgaarden aangetroffen. De rijke insectenbevolking vomt voor hen een zeer gevarieerd menu. Wanneer oude en / of holle bomen aanwezig zijn hebben sommige vleermuissoorten er zelfs hun zomerverblijf. Soorten die men tegen kan komen zijn de watervleermuis, grootoorvleermuis, dwergvleermuis en de rossevleermuis.